Ảnh hưởng của yếu tố địa lý đến đa dạng di truyền của loài Vằng sẻ ở miền trung Việt Nam

Abstract

This research employed the rbcL and trnH-psbA markers to assess the genetic diversity of Jasminum nervosum populations collected from four localities in central Vietnam: Quang Tri, Thua Thien Hue, Da Nang, and Quang Nam. PCR amplification of the rbcL gene yielded a product of approximately 620 bp, while the trnH-psbA gene produced a fragment of around 500-550 bp. Sequence alignment revealed high similarity among the samples, confirming that they belonged to the same species. However, nucleotide variations were observed at positions 75-102 of the trnH-psbA gene between samples from Da Nang and Quang Nam compared to those from Thua Thien Hue and Quang Tri, suggesting the influence of geographic factors on genetic diversity. These variations might be attributed to genetic adaptations to different habitats or random genetic drift within populations. Genetic distances between our samples and those available on GenBank for the trnH-psbA gene ranged from 0.0157 to 0.0342, with the highest similarity (98.43%) to Jasminum nervosum (synonym: J. subtriplinerve). For the rbcL gene, genetic distances ranged from 0.0028 to 0.0099, and our samples showed the highest similarity (99.72%) to J. nervosum. Phylogenetic analysis using the Neighbor-Joining method in MEGA X revealed a close genetic relationship among the studied samples for both the trnH-psbA and rbcL genes. These results indicate a high level of genetic homogeneity and a close genetic relationship among samples from different localities, while also highlighting the impact of geographic factors on genetic diversity, suggesting potential genetic variations due to adaptations to different habitats or random genetic drift within populations.

Tóm tắt

Chúng tôi sử dụng các chỉ thị rbcL và trnH-psbA để đánh giá đa dạng di truyền loài Vằng sẻ từ 4 điểm phân bố (Quảng Trị, Thừa Thiên Huế, Đà Nẵng và Quảng Nam). Kết quả nghiên cứu cho thấy sản phẩm PCR của vùng gene rbcL có kích thước khoảng 620 bp, trong khi sản phẩm PCR của gene trnH-psbA có kích thước khoảng từ 500 đến 550 bp. Kết quả canh chỉnh trình tự nucleotide giữa các mẫu cho thấy sự tương đồng cao, khẳng định rằng các mẫu này thuộc cùng một loài. Tuy nhiên, có sự khác biệt ở vị trí nucleotide 75-102 của vùng gene trnH-psbA giữa các mẫu từ Đà Nẵng và Quảng Nam so với các mẫu từ Thừa Thiên Huế và Quảng Trị, phản ánh ảnh hưởng của điều kiện địa lý đến đa dạng di truyền. Sự khác biệt này có thể là dấu hiệu của biến đổi gene do thích nghi với môi trường sống khác nhau hoặc biến động ngẫu nhiên trong quần thể. Khoảng cách di truyền giữa các mẫu nghiên cứu và các loài công bố trên GenBank đối với vùng gene trnH-psbA dao động từ 0,0157 đến 0,0342, trong đó các mẫu nghiên cứu có giá trị tương đồng cao nhất với loài Jasminum nervosum (tên đồng nghĩa: J. subtriplinerve), đạt mức 98,43%. Đối với vùng gene rbcL, khoảng cách di truyền dao động từ 0,0028 đến 0,0099, và các mẫu nghiên cứu có giá trị tương đồng cao nhất với loài J. nervosum, đạt mức 99,72%. Cây phát sinh chủng loại, được xây dựng bằng phương pháp Neighbor-Joining trên phần mềm MEGA X, thể hiện mối quan hệ di truyền chặt chẽ giữa các mẫu được định danh đối với cả hai vùng gene trnH-psbA và rbcL. Kết quả này cho thấy sự đồng nhất và mối quan hệ di truyền chặt chẽ giữa các mẫu từ các địa phương khác nhau, đồng thời nêu bật những ảnh hưởng của yếu tố địa lý đến đa dạng di truyền, cho thấy sự biến đổi gene có thể xảy ra do thích nghi với môi trường sống khác nhau hoặc các biến động ngẫu nhiên trong quần thể.